Morientes, profosyenel futbol hayatına 17 yaşında
İspanya'nın
Albacete takımında başladı. Burada iki sezon geçiren futbolcu 22 maçta 5 gol attı. 1995 yılında 66 maçta 28 gol atarak adını tüm
İspanya'ya duyurduğu
Real Zaragoza'ya transfer oldu. İki sezon sonunda, Temmuz 1997'de
Real Madrid'e transfer oldu ve 33 maçta 12 gol attı. 1998/99 sezonunda 38 maçta 25 gol kaydetti.Futbolcu, takımıyla birlikte 3 Şampiyonlar Ligi Kupası, 2 Kıtalararası Şampiyonluğu, 2 lig şampiyonluğu ve iki Kral kupası Şampiyonluğu yaşadı. O aynı zamanda Real Madrid'in Las Palmas'ı 7-0 yendiği maçta 5 gol birden atarak Real Madrid tarihinde
Alfredo Di Stefano'nun ardından bu başarıyı gösteren ikinci futbolcu oldu.
2001-02 sezonunda 33 maçta 18 gol atmasına rağmen bir yıl sonra takıma
Ronaldo'nun transferiyle o sezon yalnızca 2 maçta ilk 11'de forma giyebildi. 16 kez oyuna sonradan giren Morientes, 5 gol attı.
Eylül 2003'te
Monaco'ya kiralandı 28 maçta 10 gol attı ve bir Şampiyonlar Ligi ikinciliği yaşadı.Şampiyonlar Liginde 9 gol kaydetti.
Sezon sonunda Real Madrid'e dönen futbolcu, takıma
Michael Owen'ın katılmasının ardından
Liverpool'a transfer oldu. Ama Morientes İngiltere'de fazla forma şansı bulamadı ve 61 maçta sadece 12 gol kaydedebildi. Daha sonra
Valencia'ya transfer edildi. 2009-2010 sezonu başında
Marseille takımına transfer olmuştur.
